Revista Colombiana de Biotecnología

La agricultura sostenible un reto para la microbiología del suelo

Cambio de cobertura vegetal en la región de Bahía de Banderas, México

Históricamente se han presentado eventos naturales intensos y adversos, como ciclones tropicales e incendios forestales, que han propiciado variaciones importantes en la cobertura de vegetación natural. Además, en las últimas décadas las actividades humanas se han convertido en el principal desencadenador de la transformación de los ecosistemas, modificándolos o destruyéndolos con el fin de desarrollo de actividades económicas desmedidas con respecto a la capacidad de los sistemas y recursos naturales. Esto se ha intensificado en los últimos años en la región de Bahía de Banderas, la cual aumenta su vulnerabilidad ante fenómenos naturales intensos. Para realizar un análisis de series de tiempo y observar el cambio de cobertura de vegetación en la zona de estudio, se realizó una clasificación supervisada mediante el uso de un Sistema de Información Geográfica (SIG). En el cual se identificaron las superficies de vegetación en 3 municipios costeros (Bahía de Banderas, Nay.; Puerto Vallarta y Cabo Corrientes, Jal.), las cuales se compararon con las reportadas en el Inventario Forestal Nacional 2003. Se obtuvieron 3 coberturas vegetales: Selva Baja Caducifolia, Selva Mediana Caducifolia y Zonas de Bosques; más 2 usos de suelo: Suelos Urbanos y Zonas Agrícolas. En los resultados se observa que existe un proceso de cambio y reposición de coberturas y usos del suelo, en donde el mayor crecimiento se está dando en los usos relacionados con agricultura, incluyendo procesos dinámicos como la conversión a vegetación secundaria, a expensas de las áreas de bosques y selvas, observándose la mayor tasa de deforestación en fechas recientes.

Historically there have been adverse natural events such as tropical cyclones and forest fires, which have led to important changes in the coverage of natural vegetation. Moreover, in recent decades human activities have become the main trigger of the transformation of ecosystems, modifying or destroying them with the development of excessive in relation to the capacity of natural systems and resources economic activities. This has intensified in recent years in the region of Banderas Bay, which increases their vulnerability to severe natural phenomena. For analysis of time series and observe the change of vegetation cover in the study area, a supervised classification was performed by using a Geographic Information System (GIS). In which the surfaces of vegetation in 3 coastal municipalities were identified, which were compared with those reported in the national forest inventory 2003. 3 mulches were obtained: Deciduous Forest, Deciduous Forest Medium and forest areas; plus 2 land uses: Urban Soil and agricultural areas. The results shows that there is a process of change and replacement of coverage and land use, where the greatest growth is occurring in applications related to agriculture, including dynamic processes such as conversion to secondary growth, at the expense of areas of forests, with the greatest rate of deforestation in recent times.

**Asociaciones de marcadores moleculares con la resistencia a enfermedades, caracteres morfológicos y agronómicos en familias diploides de papa (Solanum tuberosum L.)**

Quince familias de papa (824 genotipos) provenientes de cruzas inter-específicas entre especies de Solanum stenotomum, S. goniocalyx y S. phureja fueron genotipadas, con el objetivo de asociar seis marcadores moleculares (GP94, HC, Nl25, Gro 1-4, RYSC3 y CP60) con genes mayores de resistencia para tizón tardío (Phytophthora infestans), verruga (Synchytrium endobioticum), nematodo - quiste (Globodera pallida y G. rostochiensis) y virus PVY y PVX. Los resultados mostraron que cinco de los marcadores aplicados fueron polimórficos y amplificaron en más del 80% de las familias. El marcador RYSC3 que co-localiza con el gen Ry adg no amplificó en ninguna de las familias evaluadas. La familia 8 amplificó la banda para tres marcadores (CP60, GP94 y NL25) en la totalidad de sus clones. La prueba de χ² se utilizó para determinar el ajuste de las proporciones de segregación de cada familia para cada marcador y genotipar los progenitores. Nueve caracteres agronómicos y morfológicos fueron evaluados en la cosecha. Mediante agrupamiento cluster fueron seleccionados 107 clones con resistencia a PVX, P. infestans, G. rostochiensis y S. endobioticum, alto rendimiento y volumen de tubérculos, elevado número de tubérculos y ojos superficiales. Sobre la base de estos resultados, aspectos prácticos para la aplicación eficiente de la selección asistida por marcadores moleculares son discutidos en este artículo.

Fefteen families of potato (824 genotypes) originated from inter-specific crosses among Solanum stenotomum, S. goniocalyx and S. phureja were genotyped in order to associate six molecular markers (GP94, HC, Nl25, Gro 1-4, RYSC3 y CP60). These molecular markers are linked to major genes for resistance to late blight (Phytophthora infestans), wart (Synchytrium endobioticum), root cyst nematode (Globodera pallida and G. rostochiensis) and viruses PVY and PVX. Results showed that five of six molecular markers were polymorphic and primers amplified in more than 80 % of the families. Molecular marker RYSC3 that is linked to Rya dg gene did not amplify in any family. All individuals in Family 8 scored positive for three markers (CP60, GP94, and NL25). χ² test was used to determine the significance of the segregation ratios of each marker in every single family; so to the possible genotype of its parents was inferred. Nine morphological and agronomical characters were assessed during the harvest. Cluster analysis classified and selected 107 genotypes by putative resistance to PVX, P. infestans, G. rostochiensis and S. endobioticum, high yield, tuber volume and tuber number and shallow eyes. According to our results, practical aspects of efficient use of marker assisted selection in potato are discussed in this paper.

Interacciones de las proteínas disulfuro isomerasa y de choque térmico Hsc70 con proteínas estructurales recombinantes purificadas de rotavirus

Introduction. Rotavirus entry into cells seems to be mediated by sequential interactions between viral structural proteins and some cell surface molecules. However, the mechanisms by which rotavirus infects target cell are still not well understood. There is some evidence showing that rotavirus structural proteins VP5* and VP8* interact with some cell surface molecules. The availability of recombinant rotavirus structural proteins in sufficient quantity has become very important for the identification of the specific virus-cell receptor interactions during the early events of the infectious process. Objective. The aim of the present work is to perform an analysis of the interactions between recombinant rotavirus structural proteins VP5*, VP8* and VP6, and cellular proteins Hsc70 and PDI using their purified recombinant versions. Materials and methods. Rotavirus recombinant VP5* and VP8*, and cellular recombinant proteins Hsc70 and PDI were expressed in E. coli BL21(DE3) while VP6 was expressed in recombinant vaccinia virus-transfected MA104 cells. The interaction between rotavirus and cellular proteins was studied using ELISA, co-immunoprecipitation and SDS-PAGE/Western blotting analysis. Results. The optimal conditions for expression of recombinant proteins were determined and antibodies were raised against them. The findings suggested that viral proteins rVP5* and rVP6 interact with Hsc70 and PDI in vitro. These viral recombinant proteins were also found to interact with raft-associated Hsc70 in a cell culture system. The treatment of cells with either rVP6 or DLPs produced significantly inhibition of rotavirus infection. Conclusion. The results allow us to conclude that rVP5* and rVP6 interact with Hsc70 and PDI during the rotavirus infection process.

Introducción. La entrada de rotavirus a las células parece estar mediado por interacciones secuenciales entre las proteínas estructurales virales y algunas moléculas de la superficie celular. Sin embargo, los mecanismos por los cuales el rotavirus infecta la célula diana aún no se comprenden bien. Existe alguna evidencia que muestra que las proteínas estructurales de rotavirus VP5* y VP8* interactúan con algunas moléculas de la superficie celular. La disponibilidad de las proteínas estructurales de rotavirus recombinantes en cantidad suficiente se ha convertido en un aspecto importante para la identificación de las interacciones específicas de los receptores virus-célula durante los eventos tempranos del proceso infeccioso. Objetivo. El propósito del presente trabajo es realizar un análisis de las interacciones entre las proteínas estructurales de rotavirus recombinante VP5*, VP8* y VP6, y las proteínas celulares Hsc70 y PDI utilizando sus versiones recombinantes purificadas. Materiales y métodos. Las proteínas recombinantes de rotavirus VP5* y VP8* y las proteínas recombinantes celulares Hsc70 y PDI se expresaron en E. coli BL21 (DE3), mientras que VP6 se expresó en células MA104 con virus vaccinia recombinante transfectada. La interacción entre el rotavirus y las proteínas celulares se estudió mediante ELISA, co-inmunoprecipitación y SDS-PAGE/ Western. Resultados. Las condiciones óptimas para la expresión de proteínas recombinantes se determinaron y se generaron anticuerpos contra ellas. Los resultados sugirieron que las proteínas virales rVP5* y rVP6 interactúan con Hsc70 y PDI in vitro. También se encontró que éstas proteínas virales recombinantes interactúan con Hsc70 en las balsas lipídicas ("Rafts") en un cultivo celular. El tratamiento de las células, ya sea con DLP o rVP6 produjo significativamente la inhibición de la infección por rotavirus. Conclusión. Los resultados permiten concluir que rVP5 * y rVP6 interactúan con Hsc70 y PDI durante el proceso de la infección por rotavirus.

Evaluación del tratamiento anaerobio de las aguas residuales de una comunidad universitaria

En las universidades cubanas más del 65 % de los estudiantes son becarios y se presta especial atención a la gestión de las aguas domésticas generadas en las comunidades y residencias universitarias. Este trabajo presenta la remoción de la materia orgánica en las aguas domésticas de la comunidad universitaria Antonio Maceo de la Universidad de Oriente empleando, a escala de laboratorio, dos sistemas: reactor UASB y laguna anaerobia. Los sistemas anaerobios evaluados, alcanzaron una remoción de la DQO superior al 70 % y una disminución de las bacterias coliformes totales desde 72x10(5) NMP/100 mL hasta 16 NMP/100 mL. La clarificación con alumbre mejora las características estéticas del efluente. Cualquiera de las variantes (UASB o laguna anaerobia) pueden ser aplicadas para la remoción de la materia orgánica en las aguas domésticas de la comunidad universitaria.

At cubans universities over the 65 % of students are grant holders and special attention lends itself to the steps of domestic waters generated in communities and university permanences. This work presents the removal of the organic matter in the university community's domestic waters Antonio Maceo of the Universidad de Oriente utilizing, to scale of laboratory two systems: UASB reactor and anaerobic lagoon. The anaerobic systemsevaluated attained a superior COD removal to the 70 % and decrease of bacteria's total coliformes from 72x105 NMP/100 mL to 16 NMP/100 mL. The clarification with alum improves the esthetic characteristics of the outflow. Anyone of variants (UASB or anaerobic lagoon) can be applied for the removal of the organic matter in the university community's domestic waters.

**Comparación del potencial oxidativo de Acidithiobacillus ferrooxidans, en un proceso de biodesulfurización de carbón**

En este estudio se comparó la actividad oxidativa de dos cepas de Acidithiobacillus ferrooxidans en un proceso de desulfurización, empleando un carbón sub-bituminoso alto en azufre (2.30% de azufre total, con 1.06% pirítico, 1.10% orgánico y 0.14% de sulfatos), proveniente de la mina "La Guacamaya" ubicada en Puerto Libertador -Córdoba, Colombia. Se realizaron ensayos a nivel de erlenmeyer, la concentración de hierro total en la solución fue de 200 mg/L y 1200 mg/L respectivamente, empleando sulfato ferroso. El proceso fue monitoreado mediante mediciones periódicas de los principales factores físico-químicos implicados (pH, potencial de óxido-reducción (Eh), hierro en solución y concentración celular). Según los resultados obtenidos, la mayor eficiencia del proceso se logró, al trabajar con microorganismos compatibles con Acidithiobacillus ferrooxidans y una concentración de sulfato ferroso inicial de 1200 mg/L, el cual obtuvo la mayor tasa de oxidación de pirita (Py oxidada) (68%), así como, mejores condiciones en el medio lixiviante (pH: 1,47; Eh: 625 mV; 6.3×10(8) células/mL) en comparación con el cultivo axénico a las mismas condiciones (Py oxidada: 52%, pH: 1,63, Eh: 580 mV, 5.1×10(8) células/mL), después de 12 días de experimentación.

This study aimed comparing the oxidative activity of two strains of Acidithiobacillus ferrooxidans in a desulphurization process, using a sub-bituminous coal with a high sulfur content (2.30% total sulfur: 1.06% as pyritic, 1.10% as organic and 0.14% from sulfates) from "La Guacamaya" mine, located in Puerto Libertador - Cordoba, Colombia. Several assays were performed in Erlenmeyer flasks, the total iron concentration used in solution were 200 mg/L and 1200 mg/L respectively, using ferrous sulfate. The process was monitored by periodically measuring the main physicochemical factors involved (pH, Eh, cell population and iron in solution). According to the results obtained, the highest efficiency of the process was achieved by working with microorganisms compatible with Acidithiobacillus ferrooxidans and initial concentration of 1200 mg/l of ferrous sulfate, which had higher pyrite oxidation rates (Py oxidized) up to 68% and the best experimental conditions in the leaching medium (pH: 1,47; Eh: 625 mV; 6.3×108 cells/mL), in comparison with the axenic culture on the same conditions (Py oxidized: 52%; pH: 1,63; Eh: 580 mV; 5.1×108cells/mL), after 12 days of experimentation.

**Efecto de las PGPB sobre el crecimiento Pennisetum clandestinum bajo condiciones de estrés salino**

Esta investigación tuvo como objetivo el aislamiento y caracterización de bacterias con potencial para promover el crecimiento del pasto Pennisetum clandestinum en suelos salinos simulados. De muestras de suelo rizosférico de P. clandestinum se aislaron 92 bacterias Gram positivas, diez aislados crecieron en agar nutritivo suplementado con NaCl (2,578 M). Los aislados se evaluaron bajo condiciones de invernadero; las cepas identificadas como KISA 34 y KISA 71 fueron seleccionadas como las mejores con base a la prueba estadística de Dunnet (p≤ 0,05) y fueron identificadas molecularmente como Bacillus amyloliquefaciens KISA 34 y Bacillus subtilis KISA 71. Estas cepas tienen la capacidad de producir; amonio, exopolisacáridos y celulosa, y tanto en presencia como ausencia de NaCl, produjeron índoles totales y solubilización de fósforo. La evaluación de las cepas en invernadero evidenció que el T6 - KISA 34 + KISA 71+ 25 % (Roca Fosfórica RF) con respecto al T2- testigo químico completo incrementaron de manera significativa la biomasa y el desarrollo de la planta (p≤ 0.05). Los resultados de esta investigación demostraron que las cepas aisladas tienen la capacidad de crecer en suelos salinos conservando sus características como promotoras de crecimiento vegetal con efectos positivos sobre P. clandestinum.

This research aims the isolation and characterization of bacteria with potential to promote the growth of grass Pennisetum clandestinum in simulated saline soils. 92 Gram positive bacterias were isolated from Rhizosphere soil samples of P. clandestinum. Ten isolated bacteria grew on nutrient agar supplemented with NaCl (2.578 M). Isolates were evaluated under greenhouse conditions; the strains identified as KISA 34 and KISA 71 were selected as the best based on the statistical test of Dunnet (p ≤ 0.05) and were identified Bacillus amyloliquefaciens KISA 34 and Bacillus subtilis KISA 71. These strains have the ability to produce ammonium, exopolysaccharides and cellulose, both in absence and presence of NaCl. The strains produced indoles and phosphorus solubilization. The evaluation of strains in greenhouse showed that the T6 - KISA 34 + KISA 71+ 25 % (phosphate rock RF) significantly increased biomass and plant development (p≤ 0.05) compared with T2 - full fertilization . The results of this research showed that isolates have the ability to grow in saline soils retaining its characteristics as promoting plant growth with positive effects on P. clandestinum.

Efecto de carbón tipo lignito sobre el crecimiento y producción de pigmentos de Arthrospira platensis

La producción de biomasa y pigmentos a partir de Arthrospira platensis ha cobrado gran importancia, debido a que estos tienen aplicaciones en producción de alimentos, metabolitos de interés biotecnológico e industrial. No obstante, para la producción de biomasa y pigmentos se han utilizado diversos sustratos que generan altos costos. Se estudió el crecimiento y producción de pigmentos de A. platensis bajo la influencia de seis concentraciones de carbón de bajo rango (CBR) tipo lignito (10, 20, 30, 40, 50, 60 mg/L) frente a una concentración de AIA (80 mg/L), se realizaron cultivos en batch en medio Zarrouk suplementados con CBR tipo lignito y AIA, bajo condiciones de aireación constante y fotoperiodos de 12:12 horas, durante 33 días. Los valores promedios más altos que se obtuvieron en cuanto a producción de biomasa y pigmentos se lograron en los cultivos suplementados con 50 y 60 mg/L de CBR tipo lignito con respecto a los controles. Los resultados obtenidos dan constancia al uso potencial del CBR como materia orgánica humificada, rica en nutrientes para el cultivo A. platensis que podrían ser aprovechado en medios acuíferos que son expuestos a la explotación carbonífera, contribuyendo a procesos de depuración y biorremediación de aguas contaminadas con materiales carboníferos.

The Biomass production and pigments from Arthrospira platensis has become very important, because these have applications in food production, metabolites of biotechnological and industrial products. However, for the production of biomass and pigments they have been used various substrates that generate high costs. Growth and pigment production A. platensis under the influence of six concentrations of low rank coal (LRC) type lignite (10, 20, 30, 40, 50, 60 mg / L) was tested against a concentration of AIA (80 mg / L), in batch cultures, performed in Zarrouk medium supplemented with LRC type lignite and AIA, under constant aeration and photoperiod of 12:12 hours, for 33 days. The highest average values obtained in terms of biomass production and pigments were achieved in the cultures supplemented with 50 and 60 mg/L of LRC type lignite with respect to the controls. The results provide evidence of the potential use of CBR as humified organic matter, rich in nutrients for growing A. platensis that could be tapped into aquifers means they are exposed to coal mining, contributing to processes of purification and bioremediation of contaminated waters carboniferous materials.

**Evaluación de tres promotores constitutivos para la expresión GUS en arroz (Oryza sativa L., cv. J-104)**

This work analyzed the constitutive expression of the ß-Glucuronidase (GUS) reporter gene fused to three promoters: the cauliflower mosaic virus (CaMV) 35S, the chimerical A9 promoter which contains rice Act1, and the Ubiquitine-1 promoter from maize. The activity of the promoters was qualitative and quantitatively obtained in different tissues and various growth stages of rice plants (cv J-104) transformed by biolistic. All the promoters were found to be active, with distinct patterns of relative activity in leaves, stem and roots from in vitro and ex vitro plants, and in plants of T1 progeny. The chimerical A9 promoter increased significantly levels of GUS expression in all the tissues and at all growth stages of the plants.

Se analizó la expresión constitutiva del gen reportero de la ß-Glucuronidasa (GUS) fusionado a tres promotores: el 35S del virus del mosaico de la coliflor (CaMV), el promotor quimérico A9 que contiene la actina-1 de arroz y el promotor ubiquitina-1 de maíz. La actividad de los promotores fue analizada cualitativa y cuantitativamente en diferentes tejidos y estadíos de crecimiento de plantas de arroz (variedad J-104) transformadas mediante biobalística. Se demostró la expresión constitutiva de GUS bajo los promotores estudiados, con distintos patrones de actividad relativa en hojas, tallos y raíces de plantas in vitro y ex vitro, y en plantas de la progenie T1. Bajo el promotor quimérico A9 se lograron los mayores niveles de expresión GUS en todos los tejidos y fases de crecimiento de las plantas.

**Desempeño del crecimiento y sobrevivencia de larvas de Oreochromis ssp. utilizando un probiótico en el alimento**

Se evaluó la eficiencia de un bio-preparado con características probióticas como promotor del crecimiento y sobrevivencia de la tilapia roja Oreochromis ssp. durante la inversión sexual. A través de cuatro tratamientos, bajo un diseño completamente aleatorizado, fueron sembradas cuatro larvas L-1 en acuarios de 20 L, a las cuales se les suministró, durante 45 días, alimento comercial hormonado de 45% de PB, más la adición del bio-preparado compuesto por caldo extracto de malta y una levadura del género Saccharomyces en concentraciones de: 10(4) (T1), 10(6) (T2), 10(8) UFC ml-1 (T3) y un control (T4) sin la adición del bio-preparado. Al inicio y al final del experimento se pesaron (mg), midieron (cm) y contaron las larvas. Los parámetros físicos y químicos monitoreados del agua, se mantuvieron dentro de rangos considerados normales para la piscicultura de la especie. Los mayores valores para las variables de crecimiento de las larvas se registraron en el T2 y T3; Peso final (Pf) (305.9±113.2 y 326.1 ±79.5mg), Ganancia en peso (Gp) (299.2±113.2 y 319.4±79.5mg) Longitud final (Lf) (2.5±0.3 y 2.5±0.2cm), Ganancia en longitud (Gl) (1.7±0.3 y 1.7±0.2cm) y Tasa especifica de crecimiento (G) (12.5±0.7 y 12,7±0.5%/día), así mismo, los mayores valores de sobrevivencia (S) de las larvas se registraron en el T3 (68.1±6.8%) y T2 (59.4±20.2%). Por tanto los mejores resultados se presentaron en larvas de T2 y T3, a los cuáles se les suministró el bio-preparado, demostrando que las larvas de tilapia roja presentan mejor crecimiento y sobrevivencia con la implementación de un bio-preparado probiótico.

The efficiency of a bio-prepared with probiotic characteristics was evaluated for promoting growth and survival of red tilapia Oreochromis ssp during sexual inversion. Through four treatments, under a completely randomized design were seeded four larvae L-1 in aquariums of 20 L, to which they were delivered, for 45 days, with Hormone commercial food of 45% CP, plus the addition of bio -prepared composed for malt extract broth and a yeast of the genus Saccharomyces in concentrations: 104 (T1), 106 (T2), 108 CFU ml-1 (T3) and (T4) control without the addition of bio-prepared. At the beginning and end of the experiment the larvae were weighed (mg), measured (cm) and counted. The physical and chemical parameters monitored water remained within ranges considered normal for fish species. The highest values for the variables of larval growth were recorded in the T2 and T3; Final weight (Pf) (305.9 ± 113.2 and 326.1 ± 79.5mg), weight gain (Gp) (299.2 ± 113.2 and 319.4 ± 79.5mg) Final Length (Lf) (2.5 ± 0.3 and 2.5 ± 0.2cm), Gain length (Gl) (1.7 ± 0.3 and 1.7 ± 0.2cm) and specific growth rate (G) (12.5 ± 0.7 and 12.7 ± 0.5% / day), likewise, the highest values of survival (S) of the larvae were recorded in T3 (68.1 ± 6.8%) and T2 (59.4 ± 20.2%). Therefore the best results were presented in larvae of T2 and T3, to which were given the bio-prepared, showing that the larvae of red tilapia have better growth and survival with the implementation of a bio-prepared probiotic.

**Caracterización molecular de Colletotrichum gloeosporioides aislado de plantas de ñame de la Costa Atlántica Colombiana utilizando la técnica "DNA Amplification Fingerprinting (DAF)"**

La antracnosis en ñame, causada por el hongo Colletotrichum gloeosporioides, es una enfermedad relevante que posee el potencial de destruir el 100% de la cosecha, convirtiéndose en la principal limitante fitosanitaria para el rendimiento del cultivo en el país. Esta es una situación preocupante considerando que aproximadamente 35.000 familias de pequeños y medianos agricultores de la Costa Atlántica Colombiana subsisten de este cultivo; es por esto que el objetivo de este trabajo fue caracterizar molecularmente 42 aislamientos del hongo procedentes de plantas de ñame con síntomas de la enfermedad, utilizando la técnica molecular "DNA Amplification Fingerprinting (DAF)", caracterizada por su resolución en la determinación de la variabilidad genética de diferentes organismos. Para la determinación de polimorfismos, se amplificaron 16 marcadores DAF implementando iniciadores tipo decámero, los cuales fueron visualizados por electroforesis en microchip con el equipo MCE-202 MultiNA. Se evaluó la reproducibilidad de la técnica DAF. La amplificación arrojó 391 bandas inequívocamente polimórficas en todas las muestras, el coeficiente de Dice identificó cinco grupos con 0.30% de similaridad y el índice de diversidad genética fue de 0.28; datos que reflejan un alto grado de variabilidad en la colección estudiada de C. gloeosporioides. Ésta puede deberse, al intercambio de germoplasma, a su condición heterotálica, a las mutaciones y al alto potencial de dispersión de las conidias que le permiten mantener la viabilidad bajo condiciones adversas. Por último, se encontró que DAF es una técnica reproducible, confirmando que es una metodología fiable para la caracterización molecular de hongos.

Yam anthracnose, caused by the fungus Colletotrichum gloeosporioides, is a significant disease that has the potential to destroy harvests in 100%, causing the decrease in crop yields nationally. Consequently, its situation affects approximately 35.000 families of small farmers the Atlantic Coast for whom it is the livelihoods. Due to above, the objective of this work was to perform the molecular characterize of 42 C. gloeosporioides isolates from yam plants with symptoms of the disease, using the molecular technique "DNA Amplification Fingerprinting (DAF)" useful for its resolution in determining the genetic variability of different organisms. For polymorphisms determination, were amplified 16 DAF markers by using primers decamers type, the banding patron was visualized by electrophoresis in microchip 202 MCE-MultiNA equipment also, we assessed of DAF technique reproducibility. The amplification process yielded 391 unequivocally polymorphic bands in all samples, Through Dice coefficient we identified five groups with 0.30% of similarity and a genetic diversity index of 0.28. Our data show a high degree of variability in the collection of C. gloeosporioides studied. The high variability could be due to several reasons like germplasm exchanges, the heterothallic condition of fungal isolates, a presence of mutations and the high potential for conidia dispersal that allow it to maintain its viability under adverse conditions. Finally, we found that DAF technique is reproducible, confirming that it is a reliable methodology for the fungi molecular characterization.

**Detección serológica y molecular del Potato virus X (PVX) en tubérculos-semilla de papa (Solanum tuberosum L. y Solanum phureja Juz. & Bukasov) en Antioquia, Colombia**

El Potato virus X (PVX) es uno de los virus más limitantes del cultivo de la papa en el mundo. Es transmitido solamente por contacto y por tubérculo-semilla. Su control se fundamenta en la siembra de tubérculos certificados por su sanidad viral y en la disponibilidad de metodologías de diagnóstico altamente sensibles. En este trabajo se evaluó la prevalencia del PVX en cuatro diferentes tejidos de tubérculos de Solanum tuberosum subsp. andigena var. Diacol-Capiro y S. phureja var. Criolla Colombia utilizando pruebas de DAS-ELISA para 128 submuestras y de RT-qPCR para 32 grupos de submuestras (4 submuestras/grupo). Los resultados de las pruebas serológicas indicaron la presencia de PVX en el 6,25 y 50% de las submuestras analizadas para la variedad Diacol-Capiro y Criolla Colombia, respectivamente; mientras que los niveles de prevalencia del PVX utilizando la detección por RT-qPCR fueron del 93,75%, independientemente de la variedad de papa y del tejido evaluado. Los valores promedio del ciclo umbral (Ct) en las RT-qPCR fueron de 25,6 (Ct=18,02 a 34,49) y el análisis de las curvas de desnaturalización permitió identificar dos variantes del virus con valores de Tm de 79,5±1°C y 83,7±1°C. La secuenciación de los amplicones obtenidos por RT-qPCR para los controles positivos y para dos de las muestras, confirmó su naturaleza viral. Estos resultados señalan unos muy altos niveles de prevalencia de PVX en el material de siembra de papa en Antioquia y la necesidad de fortalecer los programas de certificación de semilla con pruebas de detección como RT-qPCR.

Potato virus X (PVX) is one of the most important virus affecting potato crops worldwide. The virus is only transmitted mechanically and through tuber-seeds. Control of PVX is based on the usage of certified tubers, which in turn depends on the availability of sensitive diagnostic tests that allow its direct detection on seeds. In this work, the prevalence of PVX in four different tuber tissues of Solanum tuberosum subsp. andigena var. Diacol-Capiro and S. phureja var. Criolla was evaluated using DAS-ELISA (128 subsamples) and RT-qPCR (4 subsamples per group). DAS-ELISA revealed the presence of PVX in 6.25 and 50% of Diacol-Capiro and Criolla Colombia subsamples; in contrast, RT-qPCR detected PVX in 93.75% of the samples independent of the potato variety or type of tissue. Ct values were in the 18.02 to 34.49 range with a mean value of 25.6. Melting curve analysis allowed the identification of two virus variants with Tm values of 79.5±1°C and 83.7±1°C. Sanger sequencing of the positive controls and two of the samples confirmed RT-qPCR amplicons to be PVX. These results reveal a high level of prevalence of PVX in potato tuber seeds used in Antioquia and the need to strengthen seed certification programs in Colombia through RT-qPCR detection assays.

Efecto de la cisteína en un proceso de biodesulfurización de carbones en lecho empacado

Se llevaron a cabo procesos de biodesulfurización de dos carbones colombianos ricos en azufre ("Mina Vieja" y "Vampiro"), en reactores de lecho empacado a nivel de erlenmeyer, utilizando un consorcio de Acidithiobacillus ferrooxidans (ATCC 23270) y Acidithiobacillus thiooxidans (ATCC 15494), evaluando la adición de cisteína a la solución lixiviante. Los ensayos fueron monitoreados por medidas de hierro en solución, pH y potencial redox. Adicionalmente, se hicieron análisis mineralógicos por difracción de rayos X (DRX) antes y después de los experimentos. Los ensayos sin adición de cisteína alcanzaron una oxidación de pirita de 45.3% y 57.9% para "Mina Vieja" y "Vampiro" respectivamente. Cuando se adicionó cisteína, la oxidación aumentó en 14.9% para "Mina Vieja" y 6.4% para "Vampiro". Por otra parte, todos los ensayos evidenciaron remoción de caolinita, debido a su interacción con el ácido sulfúrico del medio. Con base en los resultados obtenidos, los componentes del carbón influenciaron tanto crecimiento bacteriano como la eficiencia de la cisteína sobre el grado de pirita oxidada.

Biodesulphurization processes of a two sulphur-rich coals from Colombia ("Mina Vieja" y "Vampiro") were carried out at packed-bed reactors at erlenmeyer level, using a consortium of Acidithiobacillus ferrooxidans (ATCC 23270) and Acidithiobacillus thiooxidans (ATCC 15494). Cysteine addition were evaluated. The assays were monitored by measurements of iron content, pH, and redox potential. X-ray diffraction (XRD) were used to establish the mineralogy before and after the process. The assays without cysteine respectively reached a pyrite oxidation of 45.3% ("Mina Vieja") and 57.9% ("Vampiro") after 38 days. Cysteine addition improved pyrite oxidation by 14.9% ("Mina Vieja") and 6.4% ("Vampiro"). On the other hand, all the assays removed kaolinite by interaction with sulphuric acid of the media. In base to the results, coal compounds influence bacterial growth and affects the efficiency of cysteine over pyrite oxidation.

Tratamiento de cáncer de seno y farmacogenética

El cáncer de seno es un grupo de enfermedades con gran impacto a nivel mundial dado que es una de las patologías con mayor prevalencia en mujeres y el cáncer con mayor tasa de mortalidad en varios países (GLOBOCAN 2012). El uso de la farmacogenética y farmacogenómica, en pacientes con cáncer de seno tiene como fin, generar una salud personalizada que permita tratar a cada paciente como individuo y no como enfermedad, pues cada paciente tiene necesidades particulares a la hora de suministrarle un tratamiento. El propósito de esta revisión es identificar las variantes genéticas reportadas en la literatura científica, donde se evalúan diferentes poblaciones y su posible uso como herramienta para medicina de precisión. En población colombiana es poca la caracterización poblacional que existe y por tanto estudios poblacionales son necesarios para definir los perfiles genéticos que deberán implementarse en nuestra población.

Breast cancer is one of the most prevalent diseases in women with increasing mortality in several countries (GLOBOCAN 2012). The use of pharmacogenetics and pharmacogenomics in patients with breast cancer allows generating personalized health for treating each patient as an individual, as each patient has unique needs when supplying a treatment. The purpose of this review is to identify genetic variants reported in the scientific literature, where different populations are evaluated and for possible use as a tool for medical precision. Colombian population is unique and therefore population studies are needed to define the genetic profiles to be implemented.

Procedimientos actuales para la extracción y purificación de flavonoides cítricos

En la industria alimenticia, los agentes microbicidas son usados para preservar la calidad y seguridad de los alimentos procesados. Los flavonoides encontrados en extractos cítricos han mostrado capacidad de inhibición del crecimiento celular de un gran grupo de microorganismos infecciosos, por lo tanto, éstos compuestos pueden ser útiles como agentes antivirales, antifúngicos y antibacteriales. Los flavonoides que se pueden encontrar principalmente en varias de las especies cítricas son hesperetina, hesperidina, luteolina, naringenina, naringina, narirutina, neohesperidina, nobiletina y tangeretina. A continuación se resumen los procesos utilizados recientemente para extraer, purificar y analizar los flavonoides principales en frutas cítricas. Ya optimizado el medio de cultivo se procedió a realizar una cinética confirmatoria con base a las condiciones encontradas pero evaluando el crecimiento celular por conteo en cámara de Neubauer y la producción de etanol mediante método enzimático (Procedimiento de ensayo K-ETOH, Megazyme) para confirmar los valores.

In the food industry, antimicrobial agents are used for preserving the quality and safety of processed food. Flavonoids found in citrus extracts inhibit cell growth of a large group of infectious microorganisms, therefore, these compounds may be useful as antiviral, antifungal and antibacterial agents. Hesperetin, hesperidin, luteolin, naringenin, naringin, narirutin, neohesperidin, nobiletin and tangeretin are some of the main flavonoids found in various citrus fruits. The processes used in recent years to extract, purify and analyze typical flavonoids from citrus species are reviewed.

Revisión del agave y el mezcal

En el presente trabajo, se efectuó una compilación de investigaciones realizadas sobre las diferentes etapas del proceso productivo del mezcal a partir de agave en algunas regiones productoras de México; con el propósito de explicar las problemáticas que enfrenta la cadena productiva agave-mezcal y las estrategias científicas que se han desarrollado para solucionarlas. Con ello se pretende lograr su resistencia y persistencia productiva en el mercado, elaborando un producto que cumpla con las características químicas establecidas por las normas oficiales mexicanas de producción y certificación de calidad, además de ofrecer posibles medidas de control en los procesos para estandarizar el producto y finalmente lograr etapas más eficientes en el proceso de producción.

In this paper, a compilation of investigations of the different stages in the production process of mezcal from agave in some producers regions of Mexico is carried out; to explain some of the problems faced by the productive chain agave-mezcal and scientific strategies that are being developed in the country to solve them. This is intended to achieve its resistance and productive persistence in the market, producing a product that meets the chemical characteristics established by the Mexican official standards of production and quality certification, in addition to establishing more measures of control processes to standardize the product and finally to achieve more efficient steps in the production process.

Aproximación al estudio de libertad de operación para una línea transgénica de arroz en Colombia

El desarrollo de una variedad genéticamente modificada (GM) es un reto científico y legal, tanto por las técnicas de ingeniería genética, como por los derechos de propiedad intelectual (DPI) implicados. Se realizó una aproximación al análisis de libertad de operación para una línea GM derivada de una variedad colombiana de arroz, que exprese una versión optimizada del gen cry1Ac, con el propósito de procurar su liberación comercial en Colombia. Para ello, se efectuó una deconstrucción de la innovación, con la cual se determinaron los elementos potencialmente protegibles por DPI, sobre los cuales se efectuaron búsquedas de patentes y solicitudes de patentes en el contexto nacional e internacional, en bases de datos de acceso público. Se encontraron 59 patentes y solicitudes de patentes en el escenario internacional. En la Superintendencia de Industria y Comercio de Colombia (SIC) se encontraron tres solicitudes de patentes que pueden incidir en la libertad de operación para esta innovación. Se concluye que es alta la posibilidad de desarrollar una línea GM de arroz que exprese el gen cry1Ac sin afectar interés de terceros, siempre y cuanto se cree para comercializarla en el país.

The development of a genetically modified variety (GM) is a scientific and legal challenge, by genetic engineering techniques used and the intellectual property rights (IPR) involved. Approximate analysis of freedom of operation for a GM line derived from a Colombian rice variety, express an optimized version of the cry1Ac gene; in order to pursue their commercial release in Colombia was made. To do this, a deconstruction of innovation, which potentially protectable elements DPI on which patent searches and patent applications were made in the national and international context, databases were determined public access was performed. 59 patents and patent applications were found in the international arena. The Superintendency of Industry and Trade of Colombia (SIC) three applications for patents that may affect the freedom of operation for this innovation were found. It is concluded that the higher the possibility of developing a GM rice line expressing cry1Ac gene without affecting the interest of third parties , as long as it is done in the country to commercialize.

Evaluación inicial de parámetros de campo en un biodigestor anaeróbico para el tratamiento de aguas residuales

El biodigestor anaerobio utilizado en este estudio, se diseñó para tratar agua residual doméstica en un sanitario de prueba, y se caracteriza por ser de: flujo continuo, baja carga orgánica y tener cuatro etapas de proceso. La importancia del prototipo estudiado radicó en las condiciones reales en que se probó. La primera etapa consistió en la selección del sitio, construcción del prototipo en ferrocemento con capacidad de 1m³, impermeabilización y carga. En esta etapa se inoculó el reactor con materia orgánica procedente de las descargas del sanitario, durante el periodo de agosto a diciembre de 2011. La evaluación de este periodo consistió en la medición de parámetros de campo: pH, conductividad eléctrica, sólidos sedimentables, temperatura del influente - efluente y oxígeno disuelto del sistema que permitieron verificar el comportamiento del proceso del digestor durante la fase de arranque. Los resultados obtenidos para estas determinaciones a la entrada y salida del biodigestor respectivamente son los siguientes: pH (8.03; 8.43), conductividad eléctrica (1510.83 µS/cm; 1207.00 µS/cm), temperatura del proceso (19.2°C; 20.1°C), sólidos sedimentables (144.5mL/L; 0.02mL/L), oxígeno disuelto (4.5992 mg/L; 0.1924 mg/L) estos datos proporcionaron un punto de partida para el tratamiento de aguas residuales de tipo doméstica.

The anaerobic biodigester analyzed in the present study was designed for the treatment of domestic wastewater in a test restroom, characterized by its continuous flow, low organic load and a four-stage processing system. The value of the prototype under research consists in the real daily conditions under which it was tested. The first stage consisted of the site selection, and the manufacture of a waterproof iron reinforced cement prototype, with a 1m³ loading capacity. At this stage, during the period from august to december 2011, the reactor was inoculated with organic matter originating from the aforementioned restroom discharges. The evaluation of this stage consisted in taking measurements of the following field parameters: pH, electrical conductivity, sedimentable solids, and inflow and outflow temperature along the system. These records substantiated the behaviour of the processes within the digester during the starting phase. The results obtained through these determinations at both the biodigester entry and exit points are respectively: pH (8.03; 8.43), electrical conductivity (1510.83 µS/cm; 1207.00 µS/cm), inflow and outflow temperatures (19.2°C; 20.1°C), sedimentable solids (144.5mL/L; 0.02mL/L) and dissolved oxygen (4.5992 mg/L; 0.1924 g/L). These data provided a starting point for the treatment of domestic wastewater.