Introducción

La sepsis conlleva a una alta carga de consultas hospitalarias, siendo la principal causa de ingreso a cuidado crítico y alcanzando una mortalidad de hasta el 50% ¹. Esto se relaciona directamente con la elevada frecuencia de infecciones como la neumonía adquirida en comunidad que puede alcanzar una incidencia de hasta 7.000 por cada 10.000 habitantes como lo descrito en Europa, o la infección urinaria que puede llegar a presentarse hasta en el 60% de las mujeres adultas^2,3.

Teniendo en cuenta lo anterior, la elección del antibiótico correcto que requiere conocer la farmacocinética y farmacodinamia del agente, los factores de riesgo del individuo para la adquisición de infecciones por gérmenes resistentes y el comportamiento microbiológico de la institución^4,5. Esto toma marcada importancia si se quieren prevenir los desenlaces clínicos adversos (como la sepsis), el incremento de costos de atención y la aparición de perfiles de alta resistencia en las instituciones^6).

En la actualidad se ha descrito mortalidad intrahospitalaria de hasta del 60% debida a infecciones por gérmenes multirresistentes^7-9. Con un gasto en EEUU de hasta 34.000 millones de dólares por año, incluyendo costos en atención y pérdida de productividad¹⁰. Por lo cual conocer el comportamiento microbiológico local, que se caracteriza por un elevado potencial de variación con respecto a otros centros, requiere de un esfuerzo adicional que implica extraer los datos y convertirlos en información para la toma de decisiones clínicas.

Si bien en Colombia existe evidencia al respecto tanto en artículos publicados como en las bases de datos que generan los grupos GREBO, Germen, UCI, CIDEIM, y Universidad del Bosque, en el departamento del Cauca se dispone de nula información^11,12, por lo cual se realizó este trabajo con el objetivo de describir el perfil microbiológico y de resistencia bacteriana de las infecciones adquiridas en la comunidad identificadas en el Hospital Universitario San Jose (centro de 3er nivel de referencia para el Departamento del Cauca) entre junio 2016 a diciembre 2019.

Materiales y métodos

Se diseñó un estudio descriptivo de corte transversal con análisis retrospectivo, con una población correspondiente a todos los aislamientos microbiológicos en adultos hospitalizados en el HUSJ de Popayán por procesos infecciosos adquiridos en la comunidad, identificados entre junio de 2016 y diciembre de 2019. En la muestra se incluyó un cultivo positivo por individuo por hospitalización; excluyendo aislamientos obtenidos de secreción de heridas (salvo los obtenidos en quirófano), infecciones de sitio operatorio por intervenciones de otra institución, cultivos con resultados de microbiota mixta, cultivos de secreción bronquial con >25 células epiteliales y/o <10 leucocitos por campo (no se tuvo información para utilizar los criterios de Murray), aislamientos provenientes de sitios no estériles y aquellos con registros incompletos.

Los datos se obtuvieron de los equipos automatizados de microbiología utilizados en la institución VITEK2 y BAC Alert con criterios CLSI para determinar cepas resistentes de acuerdo al año del aislamiento e incluyendo sensibilidades intermedias dentro de las mismas y la definición de infección adquirida en comunidad se realizó siguiendo los criterios vigentes del CDC. El registro de variables se llevó a cabo en Excel 2016 y el análisis estadístico en STATA V.15.0. Las variables cualitativas se resumieron con frecuencias y porcentajes.

Se contó con la aprobación del comité de ética del HUSJ y fue innecesaria la firma del consentimiento informado debido a que no se incluyeron datos de identificación de ningún paciente.

Resultados

Se obtuvieron 5.121 aislamientos, 2.596 (51%) correspondieron a urocultivos, 836 (16%) a hemocultivos y 719 (14%) a cultivos de secreción bronquial (Tabla 1). Por otra parte 3.287 (61%) provenían del servicio de urgencias y 16 % (801) de la unidad de cuidados intensivos UCI, seguidos por 484 (9%) tomados en salas de cirugía (Tabla 2) Se obtuvieron 5.121 aislamientos, 2.596 (51%) correspondieron a urocultivos, 836 (16%) a hemocultivos y 719 (14%) a cultivos de secreción bronquial (Tabla 1). Por otra parte 3.287 (61%) provenían del servicio de urgencias y 16 % (801) de la unidad de cuidados intensivos UCI, seguidos por 484 (9%) tomados en salas de cirugía (Tabla 2)

Tabla 1 Frecuencia de aislamientos bacterianos en infecciones adquiridas en la comunidad por tipo de muestra. 

Tabla 2 Frecuencia de aislamientos bacterianos en infecciones adquiridas en la comunidad por tipo de servicio donde se tomó la muestra. 

E. coli fue el microrganismo con más aislamientos, en total 2.262 (44%), seguida de K. pneumoniae (723 [14%]), S. aureus (417 [8%]) y P. aeruginosa (329 [6%]) (Tabla 3). Y con respecto a las bacterias en los diferentes tipos de muestra, en urocultivos la mas frecuente fue E. Coli 65%, seguida por K. pneumoniae, P. mirabilis y P. aeruginosa.

Tabla 3 Frecuencia de microorganismos aislados en infecciones adquiridas en la comunidad. 

En hemocultivos E. Coli se aisló en un 33%; K. pneumoniae en 14%, y en menor medida S. aureus y S. epidermidis. En el 30% de los cultivos de secreción bronquial/esputo se identificó K. pneumoniae, seguida en frecuencia por P. aeruginosa y S. aureus. En cultivos de líquido peritoneal E. Coli estuvo en un 41% de los aislamientos, precedida de K. pneumoniae, P. aeruginosa, E. faecalis y C. albicans. Finalmente, en tejidos blandos S. aureus fue la bacteria más frecuente (18%), E. Coli se aisló en el 16% de los pacientes, K. pneumoniae, P. aeruginosa y P. mirabilis tuvieron una frecuencia de 9% cada uno (Figura 1).

Figura 1 Distribución porcentual de aislamientos según tipo de muestra en infecciones adquiridas en comunidad atendidas en el Hospital San José de Popayan 2016-2019 

En cuanto a resistencias identificadas, en urocultivos E. coli, mostró una resistencia alta a ampicilina (68%), ampicilina/sulbactam (amp/sul) (58%), trimetoprim/sulfametoxazol (TMP/SMX) (51%), ciprofloxaino (41%) y ceftriaxona (21%), pero la resistencia a carbapenémicos fue nula (Tabla 4). K. pneumoniae mostró resistencia a la ampicilina de 92%, seuida de TMP/SMX (43%), ciprofloxacina (42%) y ceftriaxona (40%), la resistencia a carbapenémicos fue mayor al 10% (meropenem 16, ertapenem 14) (Tabla 4). Siendo esta última mayor al 20% en P. aeruginosa (imipenem 20%, meropenem 23%), que presento también un 26% de resistencia a cprofloxacina (Tabla 4.

Tabla 4 Perfil de resistencia principales aislamientos en urocultivos 

En hemocultivos se destaca una resistencia de P. aeruginosa a imipenem del 30% y de S. aureus del 20% para oxacilina, seguida de 5% a clindamicina y a TMP/SMX del 1% sin aislamientos resistentes a vancomicina (Tabla 5.

Tabla 5 Perfil de resistencia principales aislamientos en hemocultivos 

Discusión

De los hemocultivos se destaca E. coli y S. aureus cuyo comportamiento fue similar a los aislamientos generales. K. pneumoniae tuvo menor resistencia a cefazolina, cefepime, TMP/SMX y ceftriaxona.

E. coli fue el microorganismo más frecuente de los aislamientos con 44%, hallazgo que coincide con publicaciones internacionales y nacionales^11,13. Pero estos hallazgos pudieron verse Influenciados por el elevado número de urocultivos -51%, coincidiendo con otros estudios¹⁴, donde E. coli también fue la bacteria con más aislamientos principalmente en orina (80%)^15,16. De la misma manera, la frecuencia de este microrganismo en hemocultivos (33%), se podría explicar si se considera la infección del tracto urinario como fuente de bacteriemias, tal como se ha descrito previamente donde las infecciones de vías urinarias ocasionan alrededor del 30% de las mismas, siendo E. coli la etiología más frecuente¹⁷ y como se evidencio en este estudio, el perfil de resistencia es similar.

Por el contrario, si bien S. aureus ha sido identificado como uno de los patógenos frecuentes en sangre en múltiples estudios^11,17,18, los datos obtenido del HUSJ muestran una frecuencia del 19%, la cual es mucho mayor a los valores usualmente reportados que alcanzan poco más del 12%¹⁹.

K. pneumoniae alcanzo en cultivos de secreción bronquial una frecuencia del 29%, siendo el segundo aislamiento más frecuente (15%) y coincidiendo con lo expuesto en un estudio peruano²⁰. Pero si se tiene en cuenta que el agente etiológico más frecuente en la neumonía adquirida en comunidad suele ser S. pneumoniae con prevalencias del 30% o más^21,22, y en el presente trabajo no se evidencio dicho patógeno, se puede considerar que ha habido un cambio progresivo a lo largo de los años en cuanto a la presencia de este gram positivo en vías respiratorias bajas lo cual se ha evidenciado también en otros trabajos donde reportan porcentajes del 5%^23,24. Aunque no se descarta que estos resultados se vean influenciados por el número de pacientes a los cuales se les realiza este tipo de cultivo y la influencia que tiene la técnica de la toma de la muestra en los aislamientos; lo cual amerita a futuro mayor indagación.

E. coli, evidenció resistencia alta a ampicilina, ampicilina + sulbactam (amp/sul), TMP/SMX y cefalosporinas de primera generación, superando el 30%, contrastando con estudios previos que reportaban sensibilidad elevada a la mayoría de los antibióticos²⁵. Lo cual sugiere uso inadecuado de los mismos, condicionando así el aumento en dicho perfil de resistencia. Cardoso y colaboradores en 2013²⁶ identificaron 10% de cepas productoras de BLEE en infecciones adquiridas en comunidad, a diferencia de lo hallado en el presente trabajo donde se evidenció resistencia a cefalosporinas de tercera generación del 21%, y si bien el fenotipo es sugestivo de una mayor aparición de mecanismo, no es posible con los datos disponibles confirmar que todos los aislamientos son productores de este tipo de beta lactamasas.

La resistencia de K. penumoniae cercana al 30% para cefalosporinas de tercera generación, coincide parcialmente con estudios donde hay cepas productoras de BLEE del 40%²⁷, aunque de la misma manera que en E. coli no se tienen datos para confirmar este mecanismo. Por otra parte, a diferencia de ausencia en la resistencia en carbapenémicos de E. coli, este germen registró un 10%, y si bien es mayor al reportado en el 2013 en Cali, donde fue de 2.7%¹², sigue siendo menor que las prevalencias norteamericanas de Enterobacterales productoras de carbapenemasas donde se reporta el 32%²⁸.

El 20% de resistencia a oxacilina identificado en los aislamientos de S. aureus, indica que las cepas de MRSA de la comunidad son similares en frecuencia a lo expuesto en el estudio de Cortes y colaboradores donde reportaron 26%²⁹. Lo cual sugiere que se pueden utilizar lineamientos similares a la hora de seleccionar que antimicrobiano utilizar con el fin de cubrir MRSA de forma empírica en situaciones donde se sospecha este germen.

La resistencia de 36% a carbapenémicos por parte de P. aeruginosa proveniente de la comunidad, supera el 21% reportado en UCI de Cali¹², y si bien se cumplen criterios de definición de infección adquirida en la comunidad, estos datos indican la probabilidad de que en este estudio se incluyeran aislamientos de pacientes con factores de riesgo para infección por gérmenes multiresistentes³⁰, lo cual no se constató directamente dentro del protocolo del trabajo y ameritaría ampliación en nuevos estudios para analizar este fenómeno.

Finalmente, de acuerdo a la resistencia identificada en la institución (58% y 59% de E. coli y K. pneumoniae respectivamente), la ampicilina sulbactam no es una alternativa para el tratamiento empírico en el HUSJ si se sospecha la presencia de una enterobacteria. Y debería recomendarse su limitación dentro de la elaboración de un protocolo institucional como evidencia que lo apoye en el proceso.

En conclusión, los porcentajes de resistencia a antibióticos de uso frecuente son elevados, por lo que es necesario ajustar las guías de antibioticoterapia empírica en la institución, del mismo modo se requiere un uso racional de antibióticos, con el fin de mejorar a futuro los perfiles de resistencia. Se deben realizar estudios similares en las distintas instituciones hospitalarias de Colombia, insumo para elaborar los perfiles y guías de manejo a nivel nacional.