Resumen

BEDOYA, Oscar F.. Remote-3DD: un nuevo método para la detección de homólogos remotos que usa propiedades fisicoquímicas. Ing. compet. [online]. 2017, vol.19, n.2, pp.25-35. ISSN 0123-3033.  https://doi.org/10.25100/iyc.v19i2.5289.

En este artículo se presenta un nuevo método para la detección de homólogos remotos, llamado remote-3DD, que combina mapas de contacto predichos y una distribución de los valores en las matrices de interacción. Los mapas de contacto predichos son una aproximación de la forma 3D de proteína que se puede obtener a partir de su estructura primaria. Por su parte, una matriz de interacción permite representar una proteína a partir de las propiedades fisicoquímicas de los aminoácidos que la conforman. Remote-3DD se propone como una estrategia para mejorar la exactitud del método remote-C3D en el cual se utilizan solamente mapas de contacto. La hipótesis que se plantea en este artículo es que se puede mejorar la exactitud del método remote-C3D al incorporar las distribuciones de la matriz de interacción. Los resultados de las pruebas muestran que el método remote-3DD alcanza una exactitud mayor que los métodos basados en composición y en algunos casos una exactitud comparable con los métodos basados en perfiles. Además, las pruebas permiten demostrar que el método remote-3DD, en general, presenta exactitudes mayores que el método remote-C3D cuando se utiliza la misma cantidad de modelos y tamaños de submatrices.

Palabras clave : Bioinformática; clasificadores; conjunto de datos SCOP; homólogos remotos; propiedades fisicoquímicas.

        · resumen en Inglés     · texto en Inglés     · Inglés ( pdf )