La obra titulada La batalla de los siglos. Estado, Iglesia y religión en Colombia en el siglo XIX. De la Independencia a la Regeneración del profesor José David Cortés Guerrero, constituye un exhaustivo análisis y una nueva lectura de las relaciones Estado-Iglesia en Colombia durante el siglo XIX. El libro se encuentra compuesto por una introducción, cinco partes y las conclusiones. En el capítulo introductorio, Cortés explica cómo el Estado y la Iglesia se reconformaron desde la Independencia hasta la Regeneración a medida que fueron presentándose nuevas realidades políticas, ideológicas, económicas y culturales que influyeron en la Iglesia Católica. Desarrolla las cinco partes de su obra partir de seis hipótesis. La primera tiene que ver con las interpretaciones que elaboraron los historiadores liberales y conservadores del siglo XIX sobre la Iglesia, el Estado y la religión, las cuales para Cortés aún no han sido superadas por los historiadores contemporáneos. La segunda, muy cercana a la primera, hace referencia a la periodicidad de los hitos fundacionales elaborados por los historiadores decimonónicos. La tercera muestra la imposibilidad de entender el Estado y la Iglesia sin profundizar en el patronato republicano y la aceptación de la independencia por parte de la Santa Sede. La cuarta argumenta que el naciente Estado, al querer ser moderno, se enfrentó a un mundo tradicional en el que la Iglesia jugaba un papel primordial en el control sociopolítico y económico. La quinta muestra el papel de la religión. Según Cortés, los procesos de la romanización y el ultramontanismo, entre otros, contradicen la interpretación de que en el siglo xix la religión fue desplazada de su función de fuente de identidad y de sentimiento. La sexta argumenta que existe una conexión entre los procesos históricos internos de Colombia y los que sucedían en Occidente.

En la primera parte de su obra, el autor nos ofrece un detallado y minucioso estudio sobre cómo se fue deteriorando el orden colonial en 1808, hasta el momento en el que la Santa Sede aceptó la Independencia en 1835. Estado e Iglesia se adaptaron a las nuevas realidades de la independencia y la república, en medio de la crisis que experimentó la monarquía española en sus colonias y en la metrópoli. La segunda parte analiza el periodo comprendido entre 1835 y 1853, tiempo en que se configuran las relaciones entre el Estado y la Iglesia católica, hasta que en este último año se redacta una nueva Constitución que consagra la libertad de cultos, desde cuando se empezó a implementar una serie de reformas que abrieron a la Nueva Granada hacia el progreso. Para Cortés "la construcción del imaginario de las reformas de mediados del siglo, iniciada el 7 de marzo [de 1849], implicó sobredimensionarlas, mediante un discurso que las enarbolaba, a la vez que ridiculizaba a sus opositores, al identificarlos con el pasado" (p. 152). Dentro de estas reformas estuvo la expulsión de los jesuitas, a la que dedica una parte de sus análisis, porque cree que este evento le permite ver la forma como los liberales delinearon su posición con respecto a la institución eclesiástica. Por ejemplo, se expulsó a los jesuitas por ser extranjeros y obedecer al Papa. Con ello se quería dar a entender que todos los habitantes de la Nueva Granada debían, ante todo, obedecer a las leyes y las autoridades del país. Esta percepción obedeció a que los jesuítas se negaban a adoptar la figura jurídica de funcionarios del Estado, ya que, en su cuarto voto de obediencia debían completa obediencia al sucesor de Pedro y superior general en Roma. Ahora bien, los liberales que los expulsaron eran católicos, pero no "pro-romanos". En este contexto se inscribe la expulsión del arzobispo Manuel José Mosquera por el gobierno de José Hilario López y la defensa que de este prelado hicieron varias personalidades conservadoras.

En la tercera parte del libro el profesor Cortés estudia desde la promulgación de la Constitución de 1853 hasta su modificación por la de 1863. La Constitución de 1853 abrió las vías hacia el federalismo y permitió la libertad de cultos, entendida como un derecho individual. Esto conllevó distintas reacciones dentro de la institución eclesiástica, en su relación con los gobiernos de turno. En este punto Cortés sigue a los historiadores Fernán González y Christopher Abel. En la cuarta parte analiza la Constitución de 1863 y termina en el año 1867, con el ocaso del liberalismo radical y de lo que se conoce como el Olimpo Radical. Allí trata sobre los debates de la cuestión religiosa en la convención de Rionegro. A partir de la promulgación de la Constitución que allí se redactó, aparecen voces de respaldo y antagonistas. Cortés estudia los imaginarios construidos en temas como la inspección de los cultos, las relaciones entre catolicismo, liberalismo y libertad, y las relaciones entre catolicismo, progreso y civilización, e igualmente analiza el modo como la institución eclesiástica colombiana se fue radicalizando en sus posiciones con respecto al liberalismo, a medida que llegaban directrices de Roma con el Syllabus, catálogo de los ochenta errores del liberalismo moderno condenados por Pío IX.

En la quinta parte se examina el ocaso del liberalismo radical entre 1867, la guerra civil de 1876-1877 y la Regeneración. Para ello estudia las reformas educativas radicales, los debates políticos y religiosos en la coyuntura de fundación de la Universidad Nacional y el Decreto Orgánico de Instrucción Pública Primaria de 1870, decreto de educación neutra en materia religiosa, en un país mayoritariamente católico. El autor, con un sólido apoyo en fuentes primarias, muestra la oposición tanto de los conservadores como de una fracción de los liberales a la introducción de los textos de Jeremías Bentham y Antoine Desttut de Tracy en la Universidad. En esta parte dedica un buen número de páginas a Miguel Antonio Caro. Según Cortés:

A pesar de que no compartimos los postulados de Caro, estamos de acuerdo con Rubén Sierra en que este fue consecuente con su pensamiento y en que, por lo tanto, no fue reaccionario. Sus actuaciones no obedecieron a respuestas en momentos coyunturales. Su pensamiento y su obra estuvieron encaminados a una defensa estructural de los valores católicos, considerados el eje fundamental de la construcción social (p. 449-450).

El análisis que hace de Miguel Antonio Caro como político consecuente en materia religiosa, lo debió hacer con Mariano Ospina Rodríguez, ya que este también argumentaba que quien gobernara la república debía tener en cuenta el catolicismo, que estaba arraigado en la sociedad colombiana. Sin embargo, algunos sectores del liberalismo desconocieron esa realidad y en las reformas de mediados del siglo XIX, sujetaron la Iglesia a las leyes nacionales, ignorando que, por el derecho canónico, no podían inmiscuirse en el fuero interno de la Iglesia.¹ Para Ospina y Caro, la característica de un católico íntegro era estar en comunión con el romano pontífice, cabeza visible del catolicismo, y no adherir a los ejemplos de ciertas iglesias nacionales europeas. Ospina siempre recordó que fueron los miembros de la institución eclesiástica los que ayudaron a forjar la cultura colombiana en sus centros educativos, como el Colegio del Rosario, el Colegio de San Bartolomé, la Universidad Tomista y la Academia Javeriana. Igualmente insistía en la participación de algunos miembros de la institución eclesiástica en la emancipación y redacción del Acta de Independencia y de las nuevas Constituciones. Para Cortés, la persecución a la institución eclesiástica en el periodo liberal del siglo XIX entre 1849 y 1880 no debe ser entendida como tal, es decir, como un acorralamiento de liberales anticatólicos a la Iglesia, y afirma que esa aparente persecución no era más que el resultado del enfrentamiento entre el ideal de un Estado liberal modernizador y el mundo tradicional, característico de la sociedad colombiana de mediados de siglo, donde la institución eclesiástica jugaba un papel fundamental en el control sociopolítico y económico.

Como una de las carencias de la obra se debe señalar la ausencia de datos sobre la composición de la jerarquía eclesiástica en todo el territorio nacional, que va desde 1819 hasta 1880. Habría sido pertinente mostrar a través de censos eclesiásticos y estadísticas de la Iglesia cómo estaba conformada la institución y la jerarquía católica. Preguntas como ¿cuántos y quiénes eran los obispos, los sacerdotes diocesanos y regulares que hacían política desde sus púlpitos?, ¿cuáles obispos y sacerdotes acataron las leyes impuestas por los gobiernos liberales y cuáles no?, ¿qué posesiones o bienes temporales tenían los obispados y las órdenes religiosas, para saber si era una institución "rica" y "poderosa"? Según Díaz, quien ha estudiado la desamortización de bienes de manos muertas, la institución eclesiástica colombiana, comparada con la mexicana o la guatemalteca era relativamente pobre. ¿Cómo era la práctica sacramental de los fieles católicos para observar el grado de adhesión a los principios católicos?

Finalmente, con esta nueva lectura de las relaciones Estado-Iglesia, Cortés hace un aporte significativo, pues su obra está caracterizada por la utilización de abundantes fuentes impresas (prensa, folletos, panfletos, hojas sueltas y libros), analizadas con precisión y minuciosidad. Según el autor:

La prensa, los panfletos, las hojas sueltas y todo aquello que circulaba alrededor de las discusiones permiten un acercamiento a cómo los diversos actores se representaban a sí mismos y cómo representaban a los demás. El trabajo no considera que las fuentes sean objetivas en sí mismas, más bien encuentra en ella tres características: eran lugares donde se argumentaban las representaciones sociales existentes, eran escenarios de confrontación de las visiones construidas sobre el mundo y, finalmente, eran armas para mediar los conflictos entre las élites sobre diversos tópicos (pp. 17-18).

Esperamos que esta nueva obra histórica, bien redactada y cuidadosamente analizada, ayude a las nuevas generaciones de historiadores a abordar desde otras perspectivas aspectos de la Iglesia Católica, como la participación de los obispos, el clero diocesano y regular y los laicos, que cumplieron un papel fundamental durante el siglo XIX.